杨瑞馥为军事医学科学院微生物流行病研究所的研究员,在致病细菌学,尤其是鼠疫耶尔森氏菌的研究中突出的成绩,他领导的团队发表的论文,受到国内外同行的关注,被引用近300余次,他们的研究成果大多发表在微生物学领域的著名杂志,如《Journal of Bacteriology》、《Infection and Immunity》、《Microbe and Infection》、《Emerging Infectious Disease》和《Applied Environmental Microbiology》等;同时,在一些综合性杂志也发表了一系列论文,如《Analytical Chemistry》、《PLOS One》、《BMC Genomics》、《Journal of Molecular Biology》、《Proteomics》和《Clinical Chemistry》等;他们发表的论文曾经被《Nature Reviews Microbiology》杂志专门评述,多篇论文在所发表杂志的网站下载前20名排行中名列前茅,在他们的研究工作基础上,还在本专业著名杂志上(《Infection and Immunity》和《Microbe and Infection》等)发表了一系列综述性评论。