王惠钧是台湾大学化学系所毕业，美国伊利诺大学香槟分校化学博士、麻省理工学院生物系博士后研究员到首席与资深研究员，伊大香槟分校细胞及结构生物学系教授，中研院分子生物研究所学术咨询委员，欧洲生物化学学报编者，台大生化科学所教授。
2000年当选中央研究院院士后，回台湾任中研院生物化学研究所特聘研究员兼所长至今，王惠钧又陆续接任中华民国生物物理学会理事长、台湾生物化学及分子生物学会理事长、台湾蛋白质体学会理事长、世界蛋白质体学会（HUPO）理事长、亚太蛋白质体学会（AOHUPO ）理事；他还曾获美国生化及分生学会、美国化学研究所、美国科学促进协会等的名誉会员殊荣。
王惠钧一直致力提升台湾的生化学术水平，运用他生物结构学研究专长，展开生物结构学与功能基因体学的探讨，以了解重要的生物系统功能，主要技术平台有高效能的蛋白质同步辐射结晶学与蛋白质体学，其它先进技术也可在需要时加入使用。
目前他正在努力四项领域，结构酶学是研究几个具药物发展潜力的酶群，如蛋白质分解酶、醣化酶、磷酸水解酶、