Exomsequenzierung zur Identifizierung von Krankheitsgenen für seltene Syndrome-Reference-Cited by-同舟云学术

Exomsequenzierung zur Identifizierung von Krankheitsgenen für seltene Syndrome

Published:2014-06-01 Issue:2 Volume:26 Page:246-254
ISSN:1863-5490
Container-title:Medizinische Genetik
language:en
Short-container-title:

Author:

Kortüm F.¹,Abdollahpour H.¹²,Alawi M.³⁴,Korenke G.C.⁵,Seemanova E.⁶,Tinschert S.⁷⁸,Zenker M.⁹,Rosenberger G.¹,Kutsche K.¹

Affiliation:

1. Aff1 grid.13648.38 0000000121803484 Institut für Humangenetik Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf Martinistr. 52 20246 Hamburg Deutschland

2. Aff2 grid.490302.c Aktuelle Adresse: MVZ genteQ GmbH Hamburg Deutschland

3. Aff3 grid.13648.38 0000000121803484 Bioinformatics Service Facility Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf Hamburg Deutschland

4. Aff4 grid.418481.0 000000010665103X Leibniz-Institut für Experimentelle Virologie, Virus Genomik Heinrich-Pette-Institut Hamburg Deutschland

5. Aff5 grid.419838.f 0000000098066518 Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin, Neuropädiatrie Klinikum Oldenburg Oldenburg Deutschland

6. Aff6 grid.4491.8 000000041937116X Department of Clinical Genetics, Institute of Biology and Medical Genetics University Hospital Motol, Second Medical School, Charles University Prague Prague Tschechische Republik

7. Aff7 grid.5361.1 0000000088532677 Sektion für Humangenetik, Department für Medizinische Genetik, Molekulare und Klinische Pharmakologie Medizinische Universität Innsbruck Innsbruck Österreich

8. Aff8 grid.4488.0 0000000121117257 Institut für Klinische Genetik Medizinische Fakultät Carl Gustav Carus, TU Dresden Dresden Deutschland

9. Aff9 grid.5807.a 0000000110184307 Institut für Humangenetik Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg Magdeburg Deutschland

Abstract

Zusammenfassung Hintergrund Die Exomanalyse ist als Methode zur Identifizierung von pathogenen Sequenzvarianten bei Patienten mit einem nach den mendelschen Regeln vererbten Krankheitsbild nicht mehr wegzudenken. Sie bildet umfassend die codierenden Sequenzen eines Genoms ab und ist schnell und kostengünstig. Problemstellung Da die technischen Schwierigkeiten bei der Durchführung der Exomsequenzierung inzwischen weitgehend gelöst sind, stellt die Auswertung der großen Datenmenge und somit das Finden der pathogenen Sequenzvariante inmitten 10.000er Sequenzabweichungen die eigentliche Herausforderung dar. Dies kann nur mithilfe einer bioinformatischen Filterung der Daten erfolgen, die jeweils unter Berücksichtigung der in die Analyse einbezogenen Patienten und Familienmitglieder sowie des wahrscheinlichsten Erbganges angepasst werden muss. Lösungsansätze Anhand von 4 Fallbeispielen werden verschiedene Priorisierungsstrategien für die Filterung der Sequenzvarianten vorgestellt, die jeweils zur Identifikation der wahrscheinlich pathogenen Veränderung bei dem jeweiligen Indexpatienten geführt haben.

Publisher

Walter de Gruyter GmbH

Link

http://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s11825-014-0446-8.pdf

Reference38 articles.

1. Abdollahpour H, Alawi M, Kortüm F et al (2014) An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndrome. Eur J Hum Genet (Epub ahead of print)

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